При своей работе Trojan Remover проверяет все файлы, в которых могут жить вирусы-трояны, сканирует реестр Windows, проверяет оперативную память на наличие в ней запущенных вредоносных процессов. Проверяет всё, даже самые потаённые места, в которых могут находиться трояны. Trojan Remover также справляется с некоторыми видами вирусов-червей.